Предложенная концепция реформы РАН вызвала бурю критики — недовольство высказывали и академики, и думская оппозиция. Правительственный вариант реформы предполагал ликвидацию Академии и создание некоего Почетного клуба. Позже формулировка «ликвидация» была убрана, академия по-прежнему будет заниматься фундаментальными исследованиями. Согласно поправкам, специально создаваемое агентство, в ведение которого отойдет, в частности, имущество РАН, будет подчиняться не министерству образования, а правительству в целом.